وتنوعت البرامج الأكاديمية التي حصلت عليها الجامعة لتشمل كافة المراحل، حيث تم في مرحلة البكالوريوس اعتماد برامج «الدراسات الإسلامية، والتمريض، ودكتور علاج طبيعي»، وفي مرحلة الماجستير تم اعتماد برامج «القرآن وعلومه، وعلم النفس التربوي، وأصول الفقه، والسنة وعلومها، والعقيدة والمذاهب المعاصرة»، في حين تم اعتماد برنامج الفقه المقارن في مرحلة الدكتوراه، ليصل إجمالي ما حصلت عليه الجامعة إلى 23 اعتمادًا برامجيًا وطنيًا، منها 17 برنامج بكالوريوس، و6 برامج دراسات عليا، و17 اعتمادا برامجيا دوليا لمرحلة البكالوريوس. وتسعى الجامعة لتحقيق هذه الاعتمادات البرامجية لرفع كفاءة أداء برامجها ومخرجاتها التعليمية، بما يسهم في تحقيق أهداف رؤية المملكة 2030 ومستهدفات برنامج تنمية القدرات البشرية.