وتقوم الوكالة بالعديد من المهام من خلال كوادر وطنيّة مؤهلة ومدربة لمتابعة سير عمليات الأمن والسلامة، وحماية الممتلكات والأفراد، ومتابعة أنظمة المرافق العامة، وذلك بالكشف المبكر عن جميع المخاطر، وفاعلية أنظمة الإطفاء، ومتابعة الصيانة الدورية لصناديق إطفاء الحريق وأجهزة الإنذار بالمسجد الحرام، والتأكد من سلامة طرق المشاة، وإزالة جميع ما يعيق حركة ضيوف الرحمن خلال أداء مناسكهم من عقبات، وتطبيق خطة تقلبات حالة الطقس، وتهيئة مداخل وممرات المسجد الحرام.
وأبانت الوكالة أن عمليات التنظيم تساعد في تنظيم دخول قاصدي المسجد الحرام عبر السلالم الكهربائية، والتنسيق مع العمليات بتوجيه المصلين إلى الأدوار العلوية والحجاج حسب خطة الهيئة المعتمدة، وتعمل على عدم الجلوس في الممرات المؤدية إلى صحن الطواف أو السعي، وعدم الجلوس في المسارات المؤدية إلى المسعى، وتوجيه الحجاج إلى المصلى المخصص لسنة الطواف، وكذلك تنظيم مصلى الجنائز واستقبال ذوي الجنائز، وترتيبهم في المصلى، والتأكيد عليهم باتباع الإجراءات الصحية، والعمل على تنظيم دخول وخروج زوار مكتبة المسجد الحرام، والحفاظ على ممتلكات المعارض والمتاحف داخل المسجد الحرام، وتنظيم عملية زياراتها، بالإضافة إلى تنظيم دخول مواقف السيارات الخاصة بالرئاسة، والمحافظة على الممتلكات في كل المواقع، وإعداد تقارير دورية شاملة عن الملاحظات المرصودة بشكل دوري، لتجويد مخرجات أعمال الوكالة، بالإضافة إلى تهيئة أكثر من 15 مراقبا أمنيا يتحدثون لغات أجنبية مختلفة، ما بين الصينية والسيريلانكية والأوردية والهوساوية والفارسية والإنجليزية والتركية.