وتواجه الحركة الإخوانية منذ إعلان الإجراءات الاستثنائية وما تبعها من خطوات قضائية تستهدف محاسبة الفاسدين، اتهامات تتعلق بإفساد المجال السياسي وتلقي تمويلات خارجية واختراق القضاء، وأخرى تتعلق بالإرهاب وملف الاغتيالات السياسية.
وأفادت وسائل إعلام تونسية بأن الأجهزة الأمنية اعتقلت نائب رئيس حركة النهضة نور الدين البحيري على خلفية تجاوزات وقضايا عدة عندما كان يتولى حقيبة وزارة العدل بين عامي 2011 و2013. وبحسب محللين سياسيين، فإن توقيف البحيري جرى بناء على اتهامات بتسهيله منح رخص قيادة لشباب كانوا عائدين من الحرب في سورية وعلى علاقة وطيدة بتنظيمات إرهابية. وأفصحت مصادر تونسية موثوقة عن أنه سيتم اعتقال العشرات من قيادات الإخوان خلال الأيام القادمة لإدانتهم في قضايا أخرى. ولفتت إلى وجود ملفات موثقة بالأدلة والبراهين، خصوصاً ما يتعلق بالاغتيالات والجهاز السري للنهضة، باعتبار أن هيئة الدفاع عن الناشطين القتيلين شكري بلعيد ومحمد البراهمي قدمت القرائن في تورط العديد من الأطراف وبينها تيار الإخوان.
وذكرت المصادر أن توقيف البحيري الذراع اليمنى لراشد الغنوشي بعد أيام من الحكم بسجن المرزوقي نقطة انطلاق للعديد من الإجراءات القانونية والقضائية لمحاكمة عناصر بارزة في تنظيم الإخوان بتهم التحريض على المؤسسات الوطنية، وإفساد الحياة السياسية والحصول على تمويلات خارجية والسطو على المال العام.
وأكدت المصادر أن العشرات من أفراد تنظيم الإخوان متورطون في اتهامات بالفساد المالي والسياسي والإرهاب والاغتيالات، وتوقعت أن تشهد المرحلة القادمة فتح تحقيقات جديدة في عدة قضايا، وإعادة فتح ملفات قديمة جرى تمريرها بسبب اختراق الإخوان للمؤسسات القضائية والقانونية.