واجتمع الملك عبدالعزيز رحمه الله عام 1363هـ بالشيخ محمد بهجت البيطار، وناقش معه أمر تأسيس مدرسة «دار التوحيد» بالطائف، إثر عرضه الموضوع على المفتي العام للمملكة آنذاك الشيخ محمد بن إبراهيم آل الشيخ، وكبار العلماء رحمهم الله وتأسست المدرسة عام 1364هـ، وتم ربطها بالشعبة السياسية بالديوان الملكي لتحظى بمميزات مادية ومعنوية، لتحفيز أولياء الأمور الذين لم يألفوا نظام المدارس لإلحاق أولادهم بها، في زمن لم يكن بعض أفراد المجتمع يحسنون القراءة والكتابة والغالبية منهم أميون، ولا يرغبون أن يتعلموا إلا مما توارثوه مشافهة عن آبائهم ومن سبقوهم، وحرصاً منهم على المحافظة على تقاليدهم المتوارثة.
وصدر الأمر الملكي بصرف مكافأة و مخصص الإعاشة لطلاب الدار مئة ريال، وفي العام 1372 هـ، تم تخصيص 140 ريالاً تصرف سنويا لكل طالب باسم (بدل كسوة) وكان عدد الطلاب في تلك الفترة 150 طالباً، وفي العام 1373 هـ، صدر الأمر الملكي القاضي بمساواة مكافأة طلبة الدار بزملائهم طلاب المعهد الديني العلمي بالرياض ومقدارها 230 ريالاً شهرياً تصرف لكل طالب، وأخيراً وصلت إلى 300 ريال لطالب المتوسطة و375 ريالاً لطلاب القسم الثانوي، وكان يصرف للطلاب المتفوقين مكافأة مالية مجزية تشجيعاً على التنافس الشريف من أجل التزود بالعلوم والمعارف وكانت تصرف رواتب الإجازة الصيفية للطلاب مقدماً، وتؤمن الدار السكن والإعاشة للطلاب ودفع مخصصات شهرية لهم وتزيد هذه المكافأة في حال كان الطالب متزوجاً.
وكانت الدار تقبل كل من يجيد القراءة والكتابة، إلى عام 1366هـ، إذ أسندت مهام رئاستها إلى مدير مديرية المعارف الشيخ محمد بن عبد العزيز بن مانع رحمه الله، فعمل جاهداً على تنظيمها وتحديد مناهجها الدراسية وسنوات الدراسة وشروط الالتحاق بها، وأسس لها نظاماً داخلياً، وطلب من مصر انتداب ثلاثة أساتذة اثنان من كلية أصول الدين وواحد من كلية اللغة العربية، ووضع لها المنهج الدراسي الشامل مع بداية العام الدراسي 1366هـ، وفي العام 1369هـ أصدر أمره إلى معاون دار التوحيد باشتراط الحصول على الشهادة الابتدائية شرطاً للقبول.
وتولى إدارتها إضافةً للشيخ ابن مانع، محمد بهجت البيطار، ويسار محمد بهجت البيطار، و عبدالرزاق الجذيري، وعبدالملك عبد القادر الطرابلسي، و عبدالله الخزيم، و عبدالرحمن بن عبد الله بن عيسى بن داود، و عبدالله بن عبد الرحمن بن عبدالله الزامل، وطامي بن هديف البقمي، وعبدالعزيز صالح الشايع، وأحمد بن صالح الشايع، وفهد بن سعد الثبيتي، ومهنا ماجد الفعر، وعبدالباسط عبدالرحيم محبوب، وعبدالله عبد الرحمن الزامل، وعبدالرحمن الشويعر، وعبدالله الشافي، وسعد العدواني، وساير قطنان الجعيد، وعبدالجبار الثقفي، وصالح الجعيد، وعبدالرحمن الثبيتي، وفيصل رشيد قاسم.
وكانت مدرسة دار التوحيد النواة الأولى لكلية الشريعة في مكة المكرمة التي افتتحت عام 1369هـ، إذ استقبلت الدفعة الأولى من خريجي دار التوحيد عام 1368هـ لتكتمل الحلقة التعليمية المباركة التي خطط لها الملك عبدالعزيز.
ومن أبرز العلماء والشخصيات الذين تخرجوا من دار التوحيد وتقلدوا مناصب عُليا في الدولة: الشيخ محمد بن إبراهيم الجبير، والشيخ حسن بن عبدالله آل الشيخ، والشيخ عبدالعزيز المسند، والشيخ عبدالعزيز بن عبدالمحسن آل الشيخ، والشيخ محمد بن عثيمين، والشيخ عبدالرحمن بن عبدالله المنيع.