ويتم تعقيم ماء زمزم بالأشعة فوق البنفسجية دون إضافة أي مواد كيماوية، لضمان عدم تغير لونه أو طعمه أو رائحته، إذ يصل مستوى التعقيم من البكتيريا والفيروسات إلى 99.77%، والكيلو واط الواحد من الكهرباء يُعقم 12000 جالون من الماء.
دائرة مغلقة
وحفاظا على سلامة ماء زمزم تُتخذ مجموعة من الإجراءات، منها ضخ ماء زمزم المبارك من بئر زمزم في دائرة مغلقة عبر مواسير لا تصدأ (استانلس استيل) إلى خزانات مغلقة تمامًا، ومعالجة كيميائيًّا، لمنع حدوث أي تفاعل كيميائي أو أي نشاط بكتريولوجي بين مكونات ماء زمزم والخزانات قبل تصفيتها بمرشحات (فلاتر) تحجز الرمال والشوائب، ثم تمر على أجهزة التعقيم المبدئية. وعند ضخ ماء زمزم المبارك من الخزان إلى المسجد الحرم لاستعماله يتم مروره من خلال مرشحات (فلاتر) لحجز أي رواسب، ثم يجرى تعقيمها بالأشعة فوق البنفسجية مرة أخرى، لتُنقل إلى المسجد الحرام عبر مواسير لا تصدأ (استانلس استيل). كما يتم إجراء التحاليل اللازمة لماء زمزم في مختبرات الهيئة المخصصة لتحاليل ماء زمزم «كيميائيا وبكتريولوجيا» قبل استعمالها من قِبل مرتادي بيت الله الحرام، وذلك للكشف عن أي ملوثات كيمائية أو بكتريولوجية.
وتشترط الهيئة توفير شهادات صحية لجميع العاملين في السقيا، وذلك للتأكد من خلوهم من الأمراض المعدية، ونظافة القواعد التي توضع عليها الحافظات بصفة مستمرة بإشراف الإدارة وتعبئة الحافظات، وتوزيعها في أرجاء المسجد الحرام والساحات بعد التأكد من نظافتها، وتبديل الكاسات المستعملة، ووضع كاسات بلاستيكية جديدة بدلاً منها، وصيانة ونظافة الخزانات حسب جدولة أسبوعية وشهرية وموسمية تُنظم وفق الخطة المتبعة، وبأفضل الأساليب والوسائل المطلوبة.
وتتولى إدارة سقيا زمزم بالمسجد الحرام منذ إنشائها عام 1400 هـ الإشراف على بئر زمزم، وتوفير ماء زمزم المبردة والعادية في الحافظات (الترامس)، وتعمل على نظافتها، وتزويدها بما يلزم من الأكواب البلاستيكية. كما تقوم بنظافة وغسل المشربيات ومتابعة درجة البرودة فيها.