وأشار المركز إلى أن الأمر يأتي بناء على نظام المركز المتضمن أن يكون له هيئة يرأسها رئيس الديوان الملكي فهد العيسى، وتضم في عضويتها سمو الأمين العام لمجلس الوزراء، ورئيس هيئة الخبراء بمجلس الوزراء، وأمين دارة الملك عبدالعزيز، والمشرف العام على مكتبة الملك عبدالعزيز العامة، ومدير عام المركز الوطني للوثائق والمحفوظات، والأمين العام لمكتبة الملك فهد الوطنية، ونائب مدير عام معهد الإدارة العامة للبحوث والمعلومات، بالإضافة إلى ثلاثة من المختصين بشؤون الوثائق والمحفوظات من أعضاء هيئة التدريس في الجامعات أو غيرهم يختارون بأمر سام لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة فقط بناء على ترشيح من الديوان الملكي.
يذكر أن من مهام هيئة المركز الوطني للوثائق والمحفوظات رسم السياسة العامة للمركز ومتابعة تنفيذها وكذلك اقتراح ما تراه مناسباً من الأنظمة واللوائح والإجراءات التي تكفل التنفيذ الأمثل لنظام الوثائق والمحفوظات، وتضطلع هيئة المركز بإصدار اللوائح التنفيذية لنظام الوثائق والمحفوظات والموافقة على الخطط والبرامج والمشروعات التي تقترحها إدارة المركز.