لكن الانقلاب الأكثر شهرة في السودان قاده العميد جعفر النميري وخليط من الضباط الشيوعيين والقوميين في مايو 1969، واستمر لمدة 16 عاما.
وواجه النميري عدة محاولات انقلابية في عام 1971 منها محاولة هاشم العطا عندما تمكن الانقلابيون من السيطرة على الخرطوم لمدة يومين قبل أن يستعيد نميري السيطرة على زمام الأمور من جديد. كما نجح في عام 1975 في القضاء على محاولة انقلاب تزعمها ضابط يدعى حسن حسين، وأعدم الانقلابيون بعدها.
لم تتوقف محاولات الانقلاب على نميري، إذ جرت في شهر يوليو عام 1976 محاولة انقلاب عنيفة بمشاركة عناصر تسللت من ليبيا ودارت معارك شوارع في الخرطوم بين القوات الحكومية والانقلابيين، انتهت بالفشل وإعدام قائد الانقلاب العميد محمد نور سعد.
لكن جعفر نميري أخفق في أبريل عام 1985 في الصمود أمام انتفاضة شعبية أطاحت به عن الحكم وتولى بعده المشير عبدالرحمن سوار الذهب الذي كان وزيرا للدفاع رئاسة مجلس عسكري انتقالي، الذي أوفى بوعده وسلّم السلطة بعد عام إلى حكومة منتخبة برئاسة الصادق المهدي. لكن محاولات الانقلاب لم تتوقف في السودان، إذ إنه في يوم 30 يونيو عام 1989، انقلب عمر البشير الحكومة المنتخبة وتولى السلطة بدعم حزب الجبهة الإسلامية القومية بزعامة حسن الترابي.
وواجه الرئيس «المقتلع» عمر البشير عدة محاولات انقلابية إلا أن ثورة شعبية اقتلعته من الحكم بعد 30 عاما في السلطة، حينما أعلن وزير الدفاع السوداني عوض بن عوف بعد أشهر من الاحتجاجات عزله عام 2019، واقتيد إلى سجن كوبر حيث يتواجد به حتى الآن.
وبعد استقالة وزير الدفاع أحمد عوض بن عوف في 3 أبريل 2019، تولى المنصب بعده الفريق عبدالفتاح البرهان الذي يرأس المجلس السيادي الانتقالي والذي أعلن حله مع الحكومة وتجميد عمل لجنة التمكين.