ويعتبر المسجد من المساجد التاريخية القديمة، وشهد المسجد أعمال ترميم الأعمدة والأسقف الخشبية والجدران والمنارة، إضافة إلى ترميم الزخارف الجصية والخشبية والمحراب.
آثار وعملات
يطلع الزوار على العمارة القديمة للمسجد التي ما زال محتفظا بها والأعمدة القديمة التي تتوسطه ورواقه، وعثر في المسجد على العديد من الآثار والعملات والنقوش أثناء عمليات الحفر التي شارك فيها أكثر من 100 عامل ومهندس ومختص على مدى عام ونصف العام تقريبًا وتم تسليمها لهيئة السياحة والآثار، وفق محاضر رسمية، وتضمنت عملات، وخزفيات، ونقوشا تعكس تاريخ المسجد. وتعرض في فناء المسجد عدة صور من العمارة والتطوير الذي لحق به على مر العصور.
إزالة التشوهات
كان رئيس الهيئة العامة للسياحة والآثار الأمير سلطان بن سلمان، أعلن عن مشروع ترميم المسجد العتيق (مسجد الشافعي)، أثناء زيارته لجدة التاريخية على هامش فعاليات ملتقى التراث العمراني الأول، الذي أقيم مطلع عام 1433 بجدة، حيث أعلن أن الملك عبدالله بن عبدالعزيز تبنى ترميم أول مسجد تاريخي في جدة التاريخية وهو الجامع العتيق (مسجد الشافعي).
وحَظِيَ مشروع ترميم المسجد العتيق (مسجد الشافعي)، باهتمام ومتابعة خادم الحرمين الشريفين الملك سلمان بن عبدالعزيز في إطار اهتمامه بالمواقع التاريخية بشكل عام والمساجد التاريخية بشكل خاص.
وتم خلال المشروع إبراز العناصر المخفية نتيجة الترميمات السابقة مثل الفتحات والنوافذ على الجدران الخارجية، مع إزالة التشوهات والتلبيس القديم المتهالك للجدران، وشَمل المشروع رصف الأرضيات بالبلاط، والتكسيات المناسبة، وإزالة المحلات التجارية الملاصقة لحائط المسجد الجنوبي، وإنشاء حمامات حديثة، وتأهيل شبكة الصرف الصحي والمياه، وتنفيذ شبكة تكييف حديثة.
عمارة المسجد
حسب باحثين تاريخيين فإن منارة مسجد الشافعي بُنيت في القرن الـ13 الميلادي، إضافة إلى عمارته التي تتكون من مربع وسطه مكشوف للقيام بعملية التهوية، فيما يعد المسجد أحد أهم المواقع الإسلامية بمدينة جدة، إذ يحكي واقع الإسلام قبل 1400 عام، باستخدامه المواد التقليدية في عملية البناء، والمكونة من الطين البحري، والحجر المنقبي، والأخشاب، وهي من المواد الأساسية التي كان سكان جدة يعتمدون عليها بحكم طبيعة الأجواء.