يقول الباحث والمؤرخ في تاريخ المدينة الدكتور تنيضب الفايدي لـ«» مسجد القبلتين وسُمّي أيضاً بمسجد بني سلمة لوجوده في حي بني سلمة آنذاك، وبنو سلمة فرعٌ من قبيلة الخزرج التي تسكن ما بين المسجد النبوي وحرة الوبرة (الحرة الغربية)، وسُمّي بمسجد القبلتين نظراً لحادثة تحوّل القبلة فيما رواه يحيى عن عثمان بن محمد بن الأخنس قال: زار رسول الله صلى الله عليه وسلم أم بشر بن البراء بن معرور في بني سلمة، فصنعت له طعاماً، وحانت صلاة الظهر فصلى رسول الله صلى الله عليه وسلم بأصحابه ركعتين ثم أُمر أن يوجه إلى الكعبة، فاستدار إلى الكعبة واستقبل الميزاب، وهي القبلة التي قال الله تعالى فيها: (فلنولينك قبلةً ترضاها فولّ وجهك شطر المسجد الحرام).
ويؤكد الفايدي أن مسجد القبلتين من المساجد العُمرية نسبةً إلى عمر بن عبدالعزيز، إذ بنى جميع المواقع التي صلى بها الرسول صلى الله عليه وسلم، أو جلس بها، أو اختطها، وذلك بأمر الخليفة الأموي الوليد بن عبدالملك، إلا أن شهرة بناء المساجد اكتسبها عمر بن عبدالعزيز. ولفت إلى أن مسجد القبلتين كان مبنياً في الأساس من اللبن والسعف وجذوع النخيل، وتعاقبت عليه أعمال الترميم والتجديد 5 مرات، لأهميته في التاريخ الإسلامي بدءاً من عهد ولاية عمر بن عبدالعزيز للمدينة حين قام بعمارته، ثم في عام 893هـ بعد أن قام الشجاع شاهين الجمالي بتعميره وتجديد سقفه، وبعدها في عام 950هـ قام السلطان سليمان بتجديده وتعميره، وفي العهد السعودي صدرت الأوامر بإعادة بنائه وفق أحدث التقنيات مع إضفاء اللمسة الهندسية الإسلامية وتم تجديده وإعادة بنائه عام 1407هـ على نفقة خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبدالعزيز رحمه الله وتبلغ مساحته 1190 متراً مربعاً بسعة 2000 مصلِّ، وهناك إضافات أخرى للمسجد، إذ مدت له جسور على أحدث طراز لتسهّل الوصول إليه.